游戲的戰(zhàn)斗系統(tǒng)是一如傳統(tǒng)的戰(zhàn)棋型RPG。在極大的地圖上配置敵我雙方的機(jī)體，遵照設(shè)定好的勝敗條件，以敵我回合交錯的流程，運(yùn)用「移動」、「攻擊」兩個指令將敵人機(jī)體一一擊墜，滿足勝利條件前往下一關(guān)，只要有一點(diǎn)戰(zhàn)棋型策略游戲常識就能馬上熟悉操作。

　　《超級機(jī)器人大戰(zhàn)》系列幾個比較知名的特色，則是機(jī)體性能、駕駛員能力、人物精神等方面，敵我機(jī)體跟駕駛員都有對各種地型的適性設(shè)定，還有攻防能力等數(shù)值，這使機(jī)體與人物可以分為“以高機(jī)動力回避和射擊為戰(zhàn)斗方式”的真實(shí)系機(jī)體，以及“擁有高火力高裝甲”的超級系機(jī)體，玩家可以依自己喜好去編組戰(zhàn)術(shù)，亦或是根據(jù)關(guān)卡需求來選擇出戰(zhàn)陣容。

每一關(guān)除了勝利條件外還會有SR點(diǎn)數(shù)獲得條件，過關(guān)前達(dá)成該條件就能獲得些優(yōu)惠，這些系統(tǒng)都有保留

　　另一個特色為駕駛員精神與技能，基本上每一臺機(jī)體都會配屬一名以上的駕駛員。每個駕駛員除了能力外，在精神指令、人物技能上都能表現(xiàn)自己的特色。